Hier steht eigentlich wie es geht. Die Seite ist nur nichts für Ubuntu / Debian-Benutzer, da die Pakete z. T. anders heißen. Für Debian muss man das Repository von http://debian-multimedia.org/ hinzufügen.
java -jar ProjectX.jar -name Demux <ts-file>
mplex -o tmp.mpg -t MPEG1 -i ES_STREAM Demux.mp2 Demux.m2v
transcode -i tmp.mpg -o output.avi -y xvid4 --pre_clip 72,16,72,16 -w 1600